Fauna: En el Santuario existe una rica variedad de fauna entre la que podemos resaltar zainos, osos hormigueros, venados, tigrillos, zorros y una extensa variedad de aves estuarinas y continentales, entre las que sobresalen el flamenco y el rey guajiro.
Vegetación: Bordeando los estuarios, se encuentra una vegetación diversa compuesta por varias especies de mangle, el resto del área esta dominada por la vegetación adaptada a condiciones de sequedad, con predominio de trupillo, dividivi, cardon, tunas y espinito blanco y colorado.
Ecosistemas: El ecosistema representativo del santuario son las lagunas costeras Navio quebrado y laguna grande. el santuario posee igualmente bosque seco tropical y manglares.
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